改正醫療法に伴い、有床診療所は2007年1月から48時間の入院期間制限が廃止される代わりに醫療計畫の基準病床制度に加えられ、開設や増床する際には都道府県知事の許可が必要となり、事実上、過剰病床の保健醫療地域では新規の開設は不可能になる。ただし醫療過剰地域であっても、醫療計畫にとくに必要とされる機能を有する有床診療所については知事勧告の対象外となる。
病床過剰醫療圏でも有床診療所を設置できる條件として厚生労働省の醫政局は、概ね次の3點を挙げている。「在宅醫療の推進のために必要な有床診」、「へき地で醫療を提供する」、「小児醫療、周産期醫療その他、地域でとくに必要な機能」。これらの機能を有する有床診療所の一般病床は屆出制となり、知事の許可を受ける必要がないが、既存病床數には含まれる。また既設の病床を基準病床の既設病床にカウントする時期については現時點では未定としている。